Naji Subhy Paul Irénée Hakim est né à Beyrouth le 31 octobre 1955. Il fit ses études avec Jean Langlais (orgue), Evelyne Aïello (direction d'orchestre), ainsi qu'au Conservatoire National Supérieur de Musique de Paris - dans les classes de Roger Boutry (harmonie), Jean-Claude Henry (contrepoint), Marcel Bitsch (fugue), Rolande Falcinelli (orgue), Jacques Castérède (analyse) et Serge Nigg (orchestration), où il a remporté sept premiers prix. Il est titulaire d'une licence d'enseignement en orgue du Trinity College of Music de Londres et de dix premiers prix internationaux d'orgue et de composition. En 1991, l'Académie des Beaux-Arts lui décerne le Prix André Caplet et en 2009 il remporte le Premier Prix du Concours de Composition de Musique Sacrée de la Cathédrale de Monaco. De 1985 à 1993, il fut l'organiste titulaire de la Basilique du Sacré-Cœur de Montmartre, avant de succéder à Olivier Messiaen à l'église de la Trinité (1993-2008). Il fut professeur d'analyse au Conservatoire National de Région de Boulogne-Billancourt (1988-2019). Il est visiting professor à la Royal Academy of Music de Londres, ingénieur de l'École Nationale Supérieure des Télécommunications de Paris, membre de la Consociatio Internationalis Musicæ Sacræ de Rome et Docteur honoris causa de l'Université Pontificale Saint-Esprit de Kaslik, Liban. En 2007, Sa Sainteté le Pape Benoît XVI a décerné à Naji Hakim l' "Augustæ crucis insigne pro Ecclesia et Pontifice", pour l'excellence de son engagement et de son travail au bénéfice de l'Eglise et du Saint Père. Ses oeuvres comprennent des pièces instrumentales (orgue, flûte, hautbois, clarinette, basson, cor, trompette, harpe, guitare, violon, alto, violoncelle, piano), de la musique symphonique (Les Noces de l'Agneau, Hymne de l'Univers, Ouverture Libanaise, Påskeblomst, Augsburger Symphonie, Trois Danses Basques, cinq concertos pour orgue, un concerto pour violon, un concerto pour piano, un concerto pour txistu) de la musique vocale (oratorio Saul de Tarse, cantate Phèdre, deux Magnificats et quatre messes). 

Naji Hakim est marié à Marie-Bernadette Dufourcet, organiste, compositrice et musicologue. Ils ont deux enfants : Katia-Sofía, poétesse, pianiste et musicologue, et Jean-Paul, juriste, pianiste et compositeur.