Naji Subhy Paul Irénée Hakim nació en Beyrouth el 31 de octubre 1955. Estudió con J. Langlais (órgano), E. Aïello (dirección orquestal) así como en el Conservatoire National Supérieur de Musique de Paris – en las clases de R. Boutry (armonía), J.-C. Henry (contrapunto), M. Bitsch (fuga), R. Falcinelli (órgano), J. Castérède (análisis) y S. Nigg (orquestación), donde ganó siete primeros premios. Obtuvo la licencia de enseñanza en órgano del Trinity College of Music de Londres y diez primeros premios internacionales de órgano y composición. En 1991, recibe el Premio André Caplet por parte de la Académie des Beaux-Arts de París y en 2009 el Primer Premio del Concurso de Musica Sagrada de la Catedral de Monaco. Desde 1985 hasta 1993, ha sido organista titular de la Basílica del Sagrado Corazón de París, y en 1993 sucede a Olivier Messiaen en el puesto de organista de la iglesia de la Trinidad. Paralelamente, se diplomó como ingeniero de la École Nationale Supérieure des Télécommunications de París. Desde 1988 hasta 2019 ha sido profesor de análisis musical en el Conservatoire National de Boulogne-Billancourt. Es profesor invitado en la Royal Academy of Music de Londres y miembro de la Consociatio Internationalis Musicae Sacrae de Roma. Por todas sus realizaciones y el conjunto de su carrera, ha sido nombrado Doctor honoris causa de la University Saint-Esprit of Kaslik , Líbano. En 2007, su Santidad el Papa Benedicto XVI otorgó a Naji Hakim la insignia Augustae cbajón, corno, trompeta, arpa, guitarra, violín, piano), música sinfónica (Les Noces de l’Agneau, Hymne de l’Univers, Ouverture Libanaise, Påskeblomst, cinco conciertos para órgano, un concierto para violin, un concierto para piano, un concierto para txistu), y música vocal (oratorio Saul de Tarse, cantata Phèdre, Magnificat, quatro misas). 

Naji Hakim está casado con Marie-Bernadette Dufourcet, organista, compositora y musicóloga. Tienen dos hijos: Katia-Sofía, poeta, pianista y musicóloga, y Jean-Paul, abogado, pianista y compositor.